Работа с файлами и директориями на PHP довольно узкое место, на мой взгляд. Много функции по работе с директориями имеют различные настройки на каждом хостинге, поэтому довольно часто приходится подгонять работу функций под конкретные настройки сервера.
Из самых распространенных примеров, для которых встречаются различные настройки, это функции touch(), chmod(), не говоря уже о правах на директории, которые необходимо бдить постоянно. Не правильно установленные права могут привести в лучшем случае к ошибочной работе скриптов, в худшем - открыть уязвимость для взломщиков.
Распространенный пример - папка uploads, в которую любой пользователь с сайта может подгрузить любой файл. В случае недостаточной проверки при подгрузке, туда можно подгрузить исполняемый файл, например тот же .php и в случае криво установленных прав этот скрипт может быть выполнен из вне обычным обращением, например таким http://site.ru/uploads/exploit.php, дальше я думаю разъяснять не стоит, что можно сделать на php с сайтом-жертвой ;)